Στην περιοχή της Σητείας υπάρχουν δύο περιοχές που έχουν ενταχθεί στο Δίκτυο «ΦΥΣΗ 2000» (Κοινοτική Οδηγία 92/43/ΕΟΚ) και οι οποίες παρουσιάζουν μεγάλο ενδιαφέρον από πλευράς φυσικού περιβάλλοντος.
Μονή Καψά (φαράγγι Καψά και ευρύτερη περιοχή)
Η περιοχή βρίσκεται στο Νοτιοανατολικό τμήμα της Κρήτης, περίπου 35 km ανατολικά της Ιεράπετρας. Περιλαμβάνει ένα μικρό φαράγγι μήκους 3 km, το οποίο έχει το ίδιο όνομα με το μοναστήρι που βρίσκεται εσωτερικά στο φαράγγι. Στην έξοδο του φαραγγιού προς την θάλασσα, υπάρχει μια μικρή αμμώδης παραλία με αμμοθίνες. Η περιοχή περιλαμβάνει γκρεμούς, χάσματα και βράχια. Υπάρχουν επίσης φρύγανα σε καλή κατάσταση. Το θαλάσσιο μέρος καλύπτει λιγότερο από το 1% της συνολικής έκτασης της περιοχής.
Οι τύποι οικοτόπων που συναντιόνται στην περιοχή είναι: Απόκρημνες βραχώδεις ακτές με βλάστηση στη Μεσόγειο (με ενδημικά limonium spp.), Ποταμοί της Μεσογείου με περιοδική ροή, Φρύγανα Sacropoterium spinosum, Λιθώνες βαλκανικής χερσονήσου, Ασβεστολιθικά βράχια του Αιγαίου, Σπήλαια των οποίων δεν γίνεται τουριστική εκμετάλλευση, Παρόχθια δάση - στοές της θερμής Μεσογείου (Νerio -Tamaricetea). Γενικά η περιοχή έχει μεγάλη αισθητική αξία. Παρουσιάζει επίσης μεγάλο χλωριδικό ενδιαφέρον (περιλαμβάνει 14 ενδημικά και τοπικά ενδημικά είδη καθώς και σπάνια) που οφείλεται στη γεωμορφολογία της.
Όρος Θρυπτή και ευρύτερη περιοχή
Η περιοχή βρίσκεται μεταξύ Ιεράπετρας και Σητείας. Περιλαμβάνει την παράλια περιοχή του Θόλου και την οροσειρά της Θρυπτής. Το φαράγγι του Χα είναι ένα από τα πιο εντυπωσιακά φαράγγια της Κρήτης. Οι υγρές δολίνες χαρακτηρίζονται από περιορισμένη βλάστηση ετήσιων φυτών, που αν και είναι κοινά σε άλλα μέρη, εν τούτοις στην Κρήτη είναι σπάνια, ενώ οι ξηρές δολίνες χαρακτηρίζονται από πυκνή βλάστηση. Σημαντικοί θεωρούνται και οι δολομίτες κοντά στην κορυφή Αφέντης και οι ασβεστόλιθοι στην υπόλοιπη περιοχή.
Στο νότιο μέρος της περιοχής υπάρχουν μικρές κοιλάδες με πηγές και ποτάμια συνεχούς ροής με υδροχαρή βλάστηση. Οι τύποι οικοτόπων που συναντιόνται στην περιοχή είναι: Ποταμοί της Μεσογείου με περιοδική ροή, Διάσπαρτοι υποβαθμισμένοι πουρναρότοποι (garrigues), Φρύγανα Sacropoterium spinosum, Διαπλάσεις Κρήτης (Euphorbieto-Verbascion), Δάση σκληρόφυλλων που χρησιμοποιούνται για βοσκή (dehesas) με Quercus ilex, Λιθώνες βαλκανικής χερσονήσου, Ασβεστολιθικά βράχια του Αιγαίου, Πρωτογενείς λειμώνες σε βραχώδεις δόμους, Σπήλαια των οποίων δεν γίνεται τουριστική εκμετάλλευση, Δάση πλάτανου της Ανατολής (Platanion orientalis), Παρόχθια δάση - στοές της θερμής Μεσογείου (Νerio -Tamaricetea), Μεσογειακά πευκοδάση με ενδημικά είδη πεύκων της Μεσογείου. Η περιοχή έχει μεγάλη αισθητική αξία, κυρίως οι νότιες πλαγιές της.
Το σπήλαιο «Θεριόσπηλιος» είναι ιδιαίτερα σημαντικό, επειδή σε αυτό συναντώνται πολλά ενδημικά ασπόνδυλα και μια σχετικά μεγάλη αποικία της νυχτερίδας Myotis myotis. Οι κορυφές της οροσειράς είναι πολύ σημαντικές για την ορνιθοπανίδα της Κρήτης. Η χλωρίδα της είναι πλούσια σε κοινά και ενδημικά είδη, τόσο της περιοχής όσο και του νησιού. Η πανίδα είναι επίσης πλούσια σε ενδημικά ασπόνδυλα. Οι πληθυσμοί των θηλαστικών στην περιοχή είναι σε εξαιρετική κατάσταση. Τέλος, υπάρχει ποικιλία από καλά διατηρημένους τύπους οικοτόπων, οι οποίοι δεν έχουν εύκολη πρόσβαση. Το πευκοδάσος της περιοχής παρά το γεγονός ότι έχει υποστεί καταστροφές από πυρκαγιές, είναι ένα από τα σημαντικότερα στην Κρήτη.
Κουφονήσι
Στα νοτιοανατολικά του Ξερόκαμπου ζωγραφίζει με το σχήμα του το φόντο της θάλασσας το Κουφονήσι. Εδώ η αρχαιολογική σκαπάνη έφερε στο φως ερείπια από εγκαταστάσεις μινωικής αλλά και ρωμαϊκής εποχής. Φαίνεται ότι το νησί πυκνοκατοικήθηκε από τα παλαιότατα χρόνια μέχρι και τα ύστερα ρωμαϊκά. Το αποδεικνύει το μεγάλο ελληνορωμαϊκό θέατρο των 1000 θέσεων που ανασκάφτηκε. Σύμφωνα με τα ευρήματα το νησί ήταν κέντρο συλλογής και επεξεργασίας του θαλλάσιου όστρακου πορφύρα που ευδοκιμεί στις θάλασσες της περιοχής.
Κάβο Σίδερος
Το γνωστό ακρωτήριο στο Β.Α. άκρο της Κρήτης, το αρχαίο Σαμώνιον ή Σαλμώνιον. Ασφαλτοστρωμένος δρόμος 18 χλμ. από το Παλαίκαστρο οδηγεί στην Ναυτική βάση στον όρμο Κυριαμάντι (απαιτείται άδεια διέλευσης). Πρόκειται για τοπίο ιδιαίτερου χαρακτήρα και φυσικού κάλους με τις βραχώδεις επιφάνειες, τους πολλούς μικρούς και γραφικούς ορμίσκους που θυμίζουν φιόρδ, τους ανοιχτούς ορίζοντες, το έντονο φως και τα εξαίσια χρώματα του ουρανού και της θάλασσας και την αίσθηση της ερήμου και του «ακρότατου ορίου». Στο άκρο του ακρωτηρίου βρέθηκαν τα ερείπια εκκλησίας του 14ου αιώνα, προφανώς του Αγ. Ισιδώρου από όπου το όνομα του ακρωτηρίου, ενώ δίπλα υπάρχει ο νεώτερος ομώνυμος ναός. Κατά τον Απολλώνιο τον Ρόδιο στο ακρωτήριο Σαμώνιο αποβιβάστηκαν οι Αργοναύτες επιστρέφοντας από την Κολχίδα και εκεί έχτισαν το ναό της Μινωίδας ή Σαμωνίας Αθηνάς. Στην παραλία του μικρού κόλπου και κατά το μεγαλύτερο μέρος μέσα στη θάλασσα εντοπίστηκαν τα ερείπια ναού του 4ου π.χ. αιώνα. Κοντά στην εκκλησία υψώνεται το επιβλητικό κτήριο του Φάρου, που λειτουργεί και σήμερα και χτίστηκε το 1880. Ή θαλάσσια περιοχή είναι γεμάτη υφάλους, ξέρες και αρχαία ναυάγια. Στη περιοχή του Κάβου, που είναι, εξαιρετικά. ενδιαφέρουσα και από αρχαιολογικής πλευράς βρέθηκαν αρχαίες επιγραφές, βραχογραφίες και λατομεία της θαυμάσιας γκριζόμαυρης πέτρας από την οποία χτίστηκαν πολλά κτήρια της Ιτάνου κ.α. αρχαίων πόλεων.
