Σε όλη την Κρήτη, σε έκταση 8.700 περίπου τετραγωνικών χιλιομέτρων υπάρχουν 1.624 αυτόχθονα αυτοφυή είδη, από τα οποία τα 170 είδη είναι ενδημικά φυτά του νησιού. Πολλά από αυτά τα ενδημικά φυτά συναντιόνται στην ευρύτερη περιοχή της Σητείας. Είναι ανομοιόμορφα κατανεμημένα και ως επί το πλείστον απαντώνται στα ορεινά και κυρίως στα μικρά και μεγάλα φαράγγια που κυριαρχούν στην περιοχή και σε απομονωμένες περιοχές. Μερικά από αυτά είναι πολύ σπάνια ή βρίσκονται σε κίνδυνο. Τα περισσότερα από τα ενδημικά φυτά της Σητείας είναι χασμόφυτα, δηλαδή φυτά ριζωμένα σε ρωγμές βράχων και σε γκρεμούς, όπου ο ανθρώπινος παράγοντας και τα φυτοφάγα ζώα δεν μπορούν να τα επηρεάσουν.
Μαρουλίτσες (Crepis auriculifolia)
Απαντάται σε ξηρές βραχώδεις πλαγιές και σχισμές Πολυετές φυτό, με ρόδακα από οδοντωτά ή λίγο κολπωτά φύλλα, τριχωτά ή λεία. Ανθίζει από Μάιο μέχρι Ιούλιο.
Δίκταμος ή έρωντας (Origanum dictamnus)
Χαρακτηριστικό ενδημικό φυτό της Κρήτης. Αναφέρεται από την αρχαιότητα σαν φαρμακευτικό και ο Ιπποκράτης το ονομάζει "ωκυτόκιον" και χρησιμοποιείται σαν αφέψημα.
Υπέρικο ή Αγούδουρας (Hypericum kelleri)
Πολύ μικρό θαμνώδες έρπον φυτό (χαμαίφυτο), χαρακτηριστικό και συχνό είδος των δολίνων. Ανθίζει από Μάιο μέχρι Αύγουστο.
Πηγουνιά ή Αγριοροδαριά (Paeonia clusii s.sp clusii)
Το συναντάμε στην ορεινή και ημιορεινή ζώνη σε υψόμετρο μέχρι 1600 m. Το όνομα της παραπέμπει σε ένα από τους παλιούς θεούς γιατρούς τον Παιώνα του οποίου το όνομα αναφέρεται σε μια πήλινη πλάκα της Κνωσού. Ανθίζει από Απρίλιο μέχρι Ιούνιο.
Τσάι του βουνού, ή μαλοτήρα (Sideritis syriaca ssp. Syriaca)
Φύεται σε βραχώδεις εκτάσεις, έχει φύλλα χνουδωτά, λογχοειδή και κίτρινα άνθη. Ανθίζει από Ιούνιο μέχρι Ιούλιο. Έχει σχετικά μικρή περιεκτικότητα σε αιθέρια έλαια.
Καμπανούλα (Campanula tubulosa)
Ο βλαστός του είναι χνουδοτός με μακρύ μίσχο με άνθη γαλάζια - βιολετιά. Ανθίζει τον Απρίλιο - Μάιο και αναπτύσσεται στους βράχους και τα φαράγγια μέσου και χαμηλού υψομέτρου.
Κυκλάμινο (Cyclamen creticum)
Είναι το μοναδικό ενδημικό είδος κυκλάμινου της Κρήτης. Τα κατάλευκα (σπάνια ανοιχτορόδινα) άνθη του εμφανίζονται το Μάρτιο-Απρίλιο. Απαντάται στην ορεινή και ημιορεινή ζώνη σε σκιερές τοποθεσίες.
Πετρομάρουλα (Petromarula pinata)
Διετές φυτό με βολβό. Ο Βλαστός του είναι λείος και έχει γαλάζια άνθη με στεφάνη που είναι χωρισμένη σχεδόν ως τη βάση. Φύεται από το επίπεδο της θάλασσας μέχρι την ορεινή ζώνη. Ανθίζει από Απρίλιο μέχρι Μάιο.
Αγριογαρύφαλλο (Dianthus juniperinus)
Μικρός θάμνος με άνθη ωχρορόδινα ή ροδοπόρφυρα, ανθίζει από τον Μάιο - Σεπτέμβριο. Φύεται σε βραχώδεις πετρώδεις θέσεις.
Μαντζουράνα (Origanum mirophyllum)
Είναι ενδημικό φυτό της Κρήτης και φύεται σε βραχώδεις περιοχές. Έχει φύλλα χνουδωτά και χρησιμοποιείται συνήθως μαζί με την μαλοτήρα σε αφέψημα σαν ρόφημα. Στην ανατολική Κρήτη είναι γνωστό με το όνομα Αντωναϊδα.
Έβενος ο κρητικός, αρχοντόξυλο (Ebenus cretica)
Ενδημικός μικρός θάμνος της Κρήτης που απαντάται σε όλο το νησί σε ξηρές και απότομες πλαγιές. Έχει εντυπωσιακά ροδόχρωμα άνθη που εμφανίζονται τον Απρίλιο.
