Il existe dans la province de Sitia deux régions intégrées au Réseau NATURA 2000 (directive communautaire 92/43/U.E.) qui présentent un grand intérêt du point de vue de leur environnement naturel.
Monastère de Kapsas (les gorges de Kapsas et leurs alentours)
La région se trouve dans la partie sud-est de la Crète, à environ 35 km de Hiérapétra. Elle comprend de petites gorges de 3 km de long, qui portent le même nom que le monastère qui y est bâti. À la sortie des gorges vers la mer, il existe une petite plage de sable avec des dunes. La région comporte des ravins, des crevasses et des rochers. On y rencontre une belle végétation de garrigue. La partie maritime couvre moins de 1% de la superficie totale de la région. Les types d’habitats naturels qui s’y rencontrent sont : falaises avec végétation des côtes méditerranéennes (avec limonium ssp. endémique), rivières de la Méditerranée à débit intermittent, phryganes à Sacropoterium spinosum (pimprenelle épineuse), éboulis de la Péninsule balkanique, roches calcaires de l’Égée, grottes non exploitées par le tourisme, galeries riveraines thermo-méditerranéennes (Nerio -Tamaricetea).
La région dans son ensemble possède une grande valeur esthétique. Elle présente en outre un vif intérêt botanique, dû à sa configuration géomorphologique : elle recèle en effet 14 espèces rares, endémiques et locales.
Extrémité Nord-est de la Crète Îlots des Dionyssadès et d’Élassa Cap Sidéro (Akra Mavrovouni – Vaï – Akra Plaka)
La région comprend l’extrémité Sud-est de la Crète, le cap Sidéro et les îles toutes proches des Dionyssadès et d’Élassa. La végétation consiste essentiellement en phryganes, tandis que dans les vallées subsiste un maquis dégradé. L’unique palmeraie d’Europe à Phoenix theophrasti se rencontre à Vaï. Il existe dans la région des cours d’eau, asséchés cependant en été, des ravines à végétation caractéristique et un certain nombre d’invertébrés aquatiques. Elle abrite en tout et pour tout deux ou trois villages. Les champs qui les entourent sont cultivés, et l’on rencontre des serres avec des bananiers. Sur les côtes orientales, devant la palmeraie, se forment des dunes de sable. Sur les côtes Ouest se développent des herbiers de Posidonie. Dans la même région on a observé des bancs de dauphins (Tursiops truncatus). À l’extrémité de la presqu’île se trouve une base militaire. Les îlots des Dionyssadès et d’Élassa sont inhabités. La végétation y consiste en phrygane, tandis que l’on rencontre des plantes halophytes près des côtes.
En général, la région présente un vif intérêt pour sa faune et sa flore, aussi bien terrestres qu’aquatiques. La palmeraie de Vaï constitue un biotope particulièrement remarquable et a été classée "Forêt esthétique".
Île de Koufonissi
La région comprend Koufonissi et les petites îles situées plus au nord (Stronghyli, Makrouli et Marmaros) et au sud (Trakhilos). La mer couvre 60% de ce secteur. Koufonissi est un îlot au climat chaud et sec, ainsi que le montrent à l’évidence sa flore désertique nord-africaine et sa végétation de steppe, avec présence caractéristique de la graminée pluriannuelle Lygeum spartum et de la géraniacée Erodium crassifolium.
Des plages de sable coexistent avec des côtes rocheuses. La partie maritime de la région est très représentative et bien conservée, elle comporte des grottes sous-marines, des récifs et des prairies de posidonies. Il n’existe pas d’habitat permanent sur l’île. Durant l’été des baigneurs la visitent, mais les activités touristiques y sont très limitées.
L’importance de cette région réside en sa situation géographique et en l’excellent état de conservation de ses habitats naturels. D’un point de vue botanique, flore et végétation sont intéressantes, puisqu’elles se caractérisent par un élément nord-africain persistant, qui a dû disparaître du reste de la Crète. Il existe des plantes endémiques, à la limite la plus au nord de leur répartition : ainsi Zygophyllum alvum, Helianthemum stipulatum et Astragalus peregrinus spp. peregrinus, dont on rencontre à Koufonissi les uniques populations connues en Crète comme en Grèce. Les habitats naturels marins sont extrêmement importants. Enfin, la région combine intérêts botanique et archéologique. Il existe dans l’île un théâtre ancien. Bien que Koufonissi n’ait pas encore été entièrement fouillée, on pense qu’elle possède une grande valeur archéologique.
